Ce site Natura 2000 a été désigné pour les chauves-souris. Depuis sa découverte en 1999, 10 espèces différentes ont été identifiées dans ce site uniquement en période de reproduction et d'estivage avec un effectif moyen supérieur à la centaine d'individus. Les captures au filet comme les écoutes ultrasonores réalisées en août 2010 ont permis de doubler un cortège réduit aux cinq espèces jusque-là recensées uniquement dans des gîtes en bâtiments (château, église, pont, maison de village, grange…).
Le Petit Rhinolophe est l'espèce qui a permis la désignation du site (90 % des effectifs) grâce à la colonie de parturition qui occupe les combles du château de Palmont (commune de Fontanges), lesquels hébergent entre 70 et 80 femelles avant reproduction. Cet effectif en fait le premier gîte de reproduction départemental en effectif concentré pour l'espèce. Ce gîte majeur apparaît isolé dans un contexte valléen où aucune autre colonie d'importance n'est connue jusqu’à présent (sauf celle de la grange de Revel, proche de Palmont, qui abrite 14 individus). Cette colonie populeuse et l'absence de gîtes occupés en satellites proches, phénomène plutôt rare en Auvergne, est délicat à interpréter mais pourrait signaler un territoire vital en tension entre un fond de vallée de moins en moins attractif au fur et à mesure de son intensification et un versant très texturé mais gagné par la friche, qui offre encore de bonnes capacités alimentaires pour près de 150 individus après envol.
Le reste du cortège indique également cette dualité des milieux naturels, ouverts/fermés, avec des espèces de lisières (Murin à moustaches, Murin à oreilles échancrées, Oreillard gris…) d'autres plus forestières (Barbastelle d'Europe, Grand Rhinolophe) les dernières étant les plus ubiquistes (Pipistrelles & Sérotines, Murin de Daubenton).
En 2018, lors du traditionnel suivi estival des populations de chauves-souris sous les toits du château de Palmont, un nouveau record d’effectif de Petits Rhinolophes a été battu ! Pour la première fois en Auvergne, on a recensé plus de 200 individus simultanément en un même lieu (150 adultes et 52 jeunes).